Le PNSM est placé sous la tutelle de la Direction Générale de la Santé et du Cabinet du Ministre de la Santé, de l'Hygiène Publique et de la Couverture Maladie Universelle. En 2024, l'effectif du Programme s'élevait à 65 personnes : 53 fonctionnaires, 8 contractuels et 4 assistants techniques, dont 16 cadres et 49 agents non cadres (21 hommes et 44 femmes). Le Programme travaille avec les 41 services de santé mentale répartis sur toute l'étendue du territoire national, dont 10 services destinés aux adolescents et aux jeunes (SSSU-SAJ).
- 65 agents en 2024 (53 fonctionnaires, 8 contractuels, 4 assistants techniques)
- 41 services de santé mentale sur le territoire national
- 10 services dédiés aux adolescents et jeunes (SSSU-SAJ)
- Une présence dans les 10 pôles régionaux de santé (PRES)